A UFES foi fundada como Universidade do Espírito Santo em 5 de maio de 1954, por meio da Lei Estadual No. 806, sancionada pelo então governador Jones dos Santos Neves, e foi federalizada através da Lei No. 3.868, de 30 de janeiro de 1961, sancionada pelo Presidente Juscelino Kubitschek. Em 1966, foi feita a desapropriação da área do Victoria Golf & Country Club e, em 1967, a aquisição da Ilha do Cercado, que vieram a se tornar o Campus de Goiabeiras, principal campus da Universidade. Em 1977 foi incorporada à UFES a Escola Superior de Agronomia do Espírito Santo, hoje o Centro de Ciências Agrárias, campus de Alegre. Em 1990 foi instalada a Coordenação Universitária Norte do Espírito Santo.No ano de 2005 o Conselho Universitário da UFES, através da Resolução n°43/2005 - CUN aprovou o Plano de Expansão e Consolidação da Interiorização Presencial da UFES, criando o CEUNES- Centro Universitário de Norte do Espírito Santo.
O Centro Universitário Norte do Espírito Santo (CEUNES) situa-se no Município de São Mateus, localizado na Microrregião “Extremo Norte” do Espírito Santo, possuindo uma área de 2.343 km2. Está situado às margens da BR 101, distante 219 km da capital Vitória. A população residente total é de 124.575 pessoas (IBGE-2015). Sua área de abrangência projetada inicialmente envolve cerca de 75 municípios, pertencentes ao Norte do Espírito Santo, Sul da Bahia e Nordeste e Leste de Minas Gerais, com uma população estimada em quase 2 milhões de habitantes.
Apesar da história recente de implementação deste Centro, iniciada em 2006, a história da educação superior pública para o Norte do estado é antiga. Na década de 1990, este tema é discutido no Conselho Universitário que, no dia 4 de abril de 1990, aprova o Plano de Interiorização (Pines), da UFES, na região norte do Espírito Santo, iniciando com os cursos de licenciatura em Matemática, Educação Física, Letras, Ciências Biológicas e Pedagogia.
A Universidade Federal do Espírito Santo realizou em janeiro de 1991, nos municípios de São Mateus e Nova Venécia, o primeiro vestibular para os cursos de Ciências Biológicas, Educação Física, Letras-Português, Matemática e Pedagogia, com a participação de 945 candidatos, dos quais 937 capixabas da Região Norte do Espírito Santo.
O plano de interiorização teve seu início efetivo no dia 08 de março de 1991, em São Mateus, com aula inaugural proferida pelo Bispo Emérito de São Mateus, Dom Aldo Gerna, para os primeiros 159 universitários. Na oportunidade, a então Coordenação (“A” CEUNES) funcionava em São Mateus, em uma instalação denominada Prédio Sagrada Família, pertencente ao Governo do Estado do Espírito Santo, com 2.000 m² de área construída num terreno de 20.000 m², onde se destacava: biblioteca, laboratórios, salas de aula, quadra poliesportiva e alojamento para estudantes e professores. A Ceunes possuía em seus quadros, 48 professores da Ufes que lecionavam para os cursos citados, deslocando-se, semanalmente, entre Vitória/São Mateus/Nova Venécia.
O esforço inicial foi fundamental para a criação de um Centro da UFES em São Mateus, com intuito de contribuir com o desenvolvimento científico e cultural da região, que, à época, já concentrava um dos mais elevados índices de crescimento populacional do Estado, tendo em vista a perspectiva natural de polo industrial em função, principalmente, das riquezas naturais e energia disponíveis na região.
No dia 20 de janeiro de 2000, a extensão no Norte do Espírito Santo foi transformada em Polo Universitário de São Mateus (Polun). E, em 2005, através da resolução nº 01/2005 do Conselho Universitário e do Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão da UFES, o Polo tornou-se o Centro Universitário Norte do Espírito Santo (CEUNES).
Em 2005, os Conselhos Universitário e de Ensino, Pesquisa e Extensão da Ufes, aprovaram o Plano de Expansão e Consolidação da Interiorização da UFES, criando o Centro Universitário Norte do Espírito Santo (o CEUNES), como a décima unidade de sua estrutura, com 09 cursos de graduação, a saber: Agronomia, Ciências Biológicas (bacharelado), Enfermagem, Engenharia de Computação, Engenharia de Petróleo, Engenharia de Produção, Engenharia Química, Farmácia e Matemática, com a oferta de 450 vagas anuais em cursos de graduação, totalizando, em sua plena operação, 2250 vagas. Para a estruturação dos cursos do projeto de Expansão da UFES, realizado durante os anos de 2006, 2007, 2008 e 2009 e em plena atividade, foi previsto um investimento inicial na ordem de 30 milhões de reais, destinados a construção da infraestrutura para os cursos de graduação (laboratórios, salas de aula), prédios de suporte administrativo (administração central, secretaria de graduação, salas de professores), acadêmico (biblioteca, RU) do campus, entre outros. Além disso, o projeto inicial de expansão previa a contratação de 105 professores e 79 técnicos.
Inicialmente as atividades acadêmicas do Centro eram desenvolvidas no Prédio Sagrada Família (antiga instalação da Ceunes) e numa Sede Provisória em São Mateus, que dispunha de salas de aula, salas de professores, setores administrativos e laboratórios. Em 2007, o CEUNES, já em funcionamento, participou, junto com outros Centros da UFES, do Plano de Reestruturação e Expansão das Universidades Federais (REUNI). Nesse projeto, o Centro propôs sua expansão através de cinco (05) novos cursos de graduação. Além dos novos cursos de graduação, o projeto REUNI permitiu a criação de três novos programas de Pós-graduação.
Entre os cursos de graduação do REUNI, quatro (04) tinham como objetivo principal atender a demanda local e regional de cursos de licenciaturas no turno Noturno (Matemática, Física, Química e Biologia). O quinto curso criado no âmbito do REUNI foi o curso de Ciência da Computação, cujo objetivo, em conjunto com os cursos de engenharia existentes, era consolidar o Polo Tecnológico do Campus de São Mateus.
O projeto de Expansão e Interiorização da UFES que deu origem ao CEUNES/UFES e o Projeto
REUNI estão implantados em uma área de 532.000 m2 (comparável em tamanho ao campus de Goiabeiras da UFES), resultado de uma parceria firmada entre a Ufes e a Prefeitura Municipal de São Mateus a qual se incorpora a área da Fazenda Experimental, com cerca de 1,9 milhões de metros quadrados, conjunto este denominado UFES-Campus São Mateus. Ambos projetos, além do aporte posterior da UFES, permitiram a disponibilização de uma infraestrutura ampla de atendimento dos diferentes cursos.